Facturatiesoftware helpt je in het factureren naar je klanten toe. Je kan er dus snel facturen in maken, verzenden, opvolgen en delen. Het is de ondernemer zelf die in dit pakket werkt.
In een boekhoudpakket kunnen verkoopfacturen worden bijgehouden, maar ook bvb. aankoopfacturen. De boekhoudsoftware zorgt ook voor balansen, resultatenrekeningen. Het is de boekhouder van de ondernemer die in principe hierin de boekhouding van de ondernemer beheert.
Tussen facturatie- en boekhoudsoftware bestaan wel wat koppelingen. Zo kan de ondernemer zijn Facturalia-account koppelen aan heel wat boekhoudsoftware om aangemaakte facturen automatisch te laten doorstromen naar het boekhoudpakket van de boekhouder/accountant.